Rodio se 1936. u Kljenku kraj Vrgorca. Osnovnu školu započeo je u izbjegličkom logoru u El-Shattu u Egiptu, a završio u Dubrovniku. Gimnaziju je završio u Splitu. Na Pravnom fakultetu u Zagrebu diplomirao je 1959. Od 1960. do 1961. bio je asistent na Pravnom fakultetu u Zagrebu na Katedri za političku ekonomiju, a 1961. postaje suradnik u Agrarnom institutu u Zagrebu, te uskoro odlazi na studijski boravak u London gdje priprema doktorsku disertaciju na London School of Economics and Political Science. Doktorat znanosti iz ekonomije stekao je 1964. na Pravnom fakultetu u Zagrebu. Iste godine izabran je za docenta na Ekonomskom fakultetu, kao i za direktora Agrarnog instituta. Godine 1965. dobiva stipendiju Fordove fondacije za poslijedoktorski studij na University of Chicago gdje je pod mentorstvom nobelovca Theodorea W. Schultza obradio temu Poljoprivreda u ekonomskom razvoju.
Po povratku iz SAD-a izabran je za docenta na Fakultetu političkih znanosti u Zagrebu na predmetu Politička ekonomija, a 1968. za izvanrednog profesora. Zbog političkog angažmana u Hrvatskom proljeću zabranjen mu je rad na Fakultetu i predavanja na Sveučilištu, kao i nastupi u javnim glasilima. Godine 1974. zapošljava se u Ekonomskom institutu u Zagrebu. Bio je istraživač i voditelj više znanstvenih projekata te sudionik brojnih domaćih i međunarodnih znanstvenih skupova. Godine 1982. imenovan je za člana Komisije za regionalni razvoj u okviru Programa dugoročne stabilizacije Saveznog izvršnog vijeća Jugoslavije. Potkraj osamdesetih godina pored rada u Institutu angažirao se na međunarodnom planu, osobito na formiranju Europskog pokreta Hrvatska i uspostavi višestranačkog sustava te je bio među osnivačima Socijaldemokratske stranke Hrvatske.
Nakon sloma komunističkog režima 1990. vratio se na Fakultet političkih znanosti kao redovni profesor, zadržavši mjesto znanstvenog savjetnika na Ekonomskom institutu. Predavao je na poslijediplomskim studijima na Fakultetu političkih znanosti i na Ekonomskom fakultetu u Zagrebu.
U kolovozu 1991. postaje član Vlade demokratskog jedinstva kao ministar bez portfelja zadužen za pojedine misije i za odnose s UNPROFOR-om. U Vladi je ostao do veljače 1993. kada je izabran na dužnost ravnatelja Ekonomskog instituta u Zagrebu. S dužnosti ravnatelja Ekonomskog instituta otišao je 1999. Istodobno je bio urednik u Leksikografskom zavodu Miroslav Krleža za područje ekonomije, a jedno vrijeme i član ravnateljstva.
Za redovitog člana Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti, u Razredu za društvene znanosti, izabran je 2004, a 2005. i za redovitog člana Académie Européene des Sciences, des Arts et des Lettres u Parizu. Od 2008. do smrti akademik Zvonimir Baletić bio je predsjednik Znanstvenog vijeća za ekonomska istraživanja i hrvatsko gospodarstvo Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti, a od 2011. do 2016. bio je voditelj Zavoda za znanstvenoistraživački i umjetnički rad HAZU u Vukovaru. Od 2005. do 2007. bio je član Nacionalnog vijeća za znanost Republike Hrvatske.
Pored suradnje u brojnim domaćim i stranim časopisima akademik Baletić bio je član uredništva više časopisa, kao što su Naše teme, Politička misao, Rasprave o migracijama, Hrvatski gospodarski glasnik, Hrvatsko Sveučilište, a posebno Ekonomski pregled. Bio je urednik više knjiga i publikacija. Preveo je na hrvatski više značajnih teorijskih djela iz ekonomije s engleskog i francuskog jezika. Bio je član Naučne sekcije Saveza ekonomista Jugoslavije, Europskog ekonomskog udruženja, Hrvatskog društva ekonomista, Znanstvenog društva ekonomista i Hrvatskog politološkog društva, a bio je i suradnik Međunarodnog centra za ekonomski razvoj u San Franciscu i Europskog udruženja za malu privredu u St. Gallenu.
Odlikovan je Redom Danice hrvatske s likom Blaža Lorkovića i Spomenicom Domovinskog rata.
