Boothroyd je triput zaredom odveo Englesku na završnicu Europskog prvenstva igrača do 21 godine, ali je na posljednjem njegova reprezentacija završila na zadnjem mjestu u skupini s Portugalom, Švicarskom i Hrvatskom.
Engleze su od plasmana u četvrtfinale dijelile minute, jer su do prve minute sučevog dodatka dvoboja s Hrvatskom vodili s 2-0, što im je bilo dovoljno za prolaz. No, sjajnim pogotkom Domagoja Bradarića izabranici Igora Bišćana došli do rezultata koji ih je odveo u četvrfinale Eura u kojem će igrati protiv Španjolske 31. svibnja, a Engleska je zbog lošije gol-razlike u krugu s Hrvatskom i Švicarskom završila kao zadnja te tako drugi put zaredom nije došla među osam najboljih na Europskom prvenstvu.
"Bila mi je najveća čast predstavljati FA i voditi engleske reprezentacije na najvećim turnirima. Nije završilo onako kako smo željeli, ali sam vrlo ponosan što sam mogao blisko surađivati s igračima za koje sam uvjeren da će imati sjajne reprezentativne karijere i što sam s njima proživio neke vrlo posebne trenutke tijekom godina", izjavio je Boothroyd u službenom priopćenju na internetskom portalu Engleskog nogometnog saveza.
Boothroyd je u početku svog angažmana vodio reprezentativne uzraste do 19 i 20 godina, a 2017. je preuzeo mjesto izbornika U-21 reprezentacije, kad je Gareth Southgate promoviran u izbornika najbolje engleske momčadi.
Boothroyd je na Euru u Sloveniji imao oslabljenu reprezentaciju, jer nije mogao računati na nekolicinu najkvalitetnijih igrača te generacije poput Phila Fodena, Masona Greenwooda, Masona Mounta ili Judea Bellinghama, što zbog ozljeda, a što zbog poziva u A reprezentaciju, čiji su dvoboji kvalifikacija za SP 2022. kolidirali s grupnom fazom natjecanja na EP-u igrača do 21 godine.